2000-ൽ പിണറായി വിജയൻ വൈദ്യുതി മന്ത്രിയായിരിക്കുന്ന കാലത്താണ് മലബാർ കാൻസർ സെന്‍റർ ആരംഭിക്കാനുള്ള നടപടികൾ തുടങ്ങുന്നത്. 2001ൽ ഇ.കെ. നായനാർ സർക്കാർ വൈദ്യുതി വകുപ്പിന് കീഴിലുള്ള സ്ഥാപനമായി എംസിസി ഉദ്ഘാടനം ചെയ്യുകയും 2008 ൽ ആരോഗ്യവകുപ്പിനു കൈമാറുകയുമായിരുന്നു. 2022 ജൂണിലാണ്, ക്യാൻസർ സെന്‍ററിനെ പോസ്റ്റ് ഗ്രാജ്വേറ്റ് ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഓഫ് ഓങ്കോളജി സയൻസസ് ആൻഡ് റിസർച്ചായി ഉയർത്തി. ഇതിനായുള്ള രണ്ടാം ഘട്ടം വികസന പ്രവർത്തനങ്ങൾ പൂർത്തിയാക്കുന്നതിന് അടിത്തറയായത് കിഫ്ബി ഫണ്ട് ആയിരുന്നു. കാൻസർ ചികിത്സയ്ക്കും ഗവേഷണങ്ങൾക്കുമായി സമർപ്പിച്ചിരിക്കുന്ന സംസ്ഥാനത്തെ സ്വയംഭരണ കേന്ദ്രമാണിന്ന് എംസിസി. എംസിസിയിലെ 30 കോടി രൂപയുടെ പൂർത്തീകരിച്ച പദ്ധതികളുടെ ഉദ്ഘാടനം 2021 ഫെബ്രുവരിയിൽ തലശേരി എംഎൽഎ കൂടിയായ നിയമസഭാ സ്പീക്കർ എ.എൻ. ഷംസീർ നിർവഹിച്ചിരുന്നു.

കേരളത്തിലെ, പ്രധാനമായും മലബാർ മേഖലയിലെയും അയൽ സംസ്ഥാനങ്ങളായ കർണാടക, തമിഴ്‌നാട് എന്നിവിടങ്ങളിലെയും കേന്ദ്രഭരണ പ്രദേശമായ പുതുച്ചേരിയിലെ മാഹി ജില്ലയിലെയും കാൻസർ രോഗികളെ ചികിത്സിക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു പ്രധാന സർക്കാർ ചികിത്സാ കേന്ദ്രമാണ് മലബാർ കാൻസർ സെന്‍റർ മാറിക്കഴിഞ്ഞു. പീഡിയാട്രിക് ഹെമറ്റോളജി, പീഡിയാട്രിക് ഓങ്കോളജി, ന്യൂക്ലിയർ മെഡിസിൻ, റേഡിയോളജി, ഇന്‍റർവെൻഷണൽ റേഡിയോളജി തുടങ്ങി നിരവധി വിഭാഗങ്ങൾ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ടിലുണ്ട്. 2008-ൽ ആകെ പുതിയ രോഗികളുടെ എണ്നം 1040 ആയിരുന്നത് 2019-ൽ 6500 ആയി. 2019 ൽ തുടർചികിത്സ തേടുന്ന രോഗികളുടെ എണ്ണം 77,477 ആയി ഉയരുകയും ചെയ്തു.

കേരള യൂണിവേഴ്‌സിറ്റി ഓഫ് ഹെൽത്ത് സയൻസസിന്‍റെ കീഴിലുള്ള ഗവേഷണ കേന്ദ്രമായ എംസിസിയെ ബിരുദാനന്തര ബിരുദ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ടായി ഉയർത്തുന്നതിന്‍റെ ഭാഗമായാണ് ഡിപ്ലോമേറ്റ് ഓഫ് നാഷണൽ ബോർഡ് (ഡിഎൻബി) ഓങ്കോളജി കോഴ്‌സ് 2017ൽ ആരംഭിച്ചത്.

2022 ജൂണിൽ കേരള മന്ത്രിസഭ മലബാർ കാൻസർ സെന്‍ററിനെ പോസ്റ്റ് ഗ്രാജ്വേറ്റ് ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഓഫ് ഓങ്കോളജി സയൻസസ് ആൻഡ് റിസർച്ചായി ഉയർത്തിയതായി പ്രഖ്യാപിച്ചു. പിജി ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് എന്ന നിലയിൽ ദേശീയ മെഡിക്കൽ കമ്മിഷന്‍റെ കീഴിലുള്ള എംഡി, എംസിഎച്ച്, ഡിഎം തുടങ്ങിയ കോഴ്‌സുകൾ സ്ഥാപനത്തിൽ ആരംഭിക്കാനാകും.

സർക്കാർ മേഖലയിൽ സംസ്ഥാനത്ത് ആദ്യമായി ഒക്യുലാർ ഓങ്കോളജി വിഭാഗം ആരംഭിക്കുന്നത് ഈ സ്ഥാപനത്തിലാണ്. 2022 ലെ കണക്കനുസരിച്ച്, കുട്ടികളിൽ ഹെമറ്റോപോയിറ്റിക് സ്റ്റെം സെൽ ട്രാൻസ്പ്ലാൻറേഷൻ നടത്തുന്ന കേരളത്തിലെ ഏക സർക്കാർ സ്ഥാപനമാണ് മലബാർ കാൻസർ സെന്‍റർ. കൊവിഡ്-19 വാക്‌സിനായി മനുഷ്യരിൽ ക്ലിനിക്കൽ പരീക്ഷണങ്ങൾ നടത്തുന്നതിന് അംഗീകാരം ലഭിച്ച കേരളത്തിലെ ഏക സ്ഥാപനം കൂടിയാണ് എംസിസി.