മദ്രസകൾ നിർത്തലാക്കണമെന്നും മദ്രസ ബോർഡുകൾക്ക് സഹായം നൽകരുതെന്നുമുളള ദേശീയ ബാലാവകാശ കമ്മീഷന്‍റെ നിർദേശം കേരളത്തിലെ മദ്രസകളെ ബാധിക്കില്ലെന്നും ഇത് മൗലികാവകാശ ലംഘനമായതിനാൽ പ്രതിഷേധത്തിൽ പങ്ക് ചേരുമെന്ന് കേരളത്തിലെ മത സംഘടനകൾ.
ഉത്തരേന്ത്യയിലെ പല സംസ്ഥാനങ്ങളിലും മദ്രസ നടത്തിപ്പിന് സർക്കാർ ധനസഹായമുണ്ടെങ്കിലും കേരളത്തിൽ മദ്രസ വിദ്യാഭ്യാസ ബോർഡോ സർക്കാർ സാമ്പത്തിക സഹായമോ ഇല്ല. അതിനാൽ ദേശീയ ബാലാവകാശകമ്മീഷന്‍റെ നിർദേശം ഇവിടെ കാര്യമായി ബാധിക്കില്ല. ഇവിടെ മുജാഹിദ്, സുന്നി, ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമി വിഭാഗങ്ങൾ പ്രത്യേകം പ്രത്യേകമായി മദ്രസകൾ നടത്തുന്നുണ്ട്.
സ്കൂൾ വിദ്യാഭ്യാസത്തെ ബാധിക്കാതെ രാവിലെയും വൈകിട്ടു മായാണ് ക്ലാസുകൾ. അതിന്‍റെ പേരിൽ ഔപചാരിക വിദ്യാഭ്യാസം ആരും വേണ്ടെന്ന് വയ്ക്കുന്നുമില്ല. പുതിയ ഉത്തരവ് ഇപ്പോഴല്ലെങ്കിലും പിന്നീട് മദ്രസകൾ പൂർണമായും അടച്ചു പൂട്ടാനുള്ള ആയുധമായി മാറുമെന്ന ആശങ്കയാണ് മത നേതൃത്വം ഉയർത്തുന്നത്. നിർദേശങ്ങൾ ഭരണഘടനാ വിരുധമാണെന്ന് ഐഎൻഎൽ പ്രതികരിച്ചു.